Primul contact dintre ambele țări a fost prin comercianți și exploratori. Mai târziu, la mijlocul anilor 1800, mai mulți reprezentanți ai SUA au călătorit în Japonia pentru a negocia acorduri comerciale, inclusiv în 1852 Commodore Matthew Perry, care a negociat primul tratat comercial si Convenția de la Kanagawa. De asemenea, o delegație japoneză a venit în SUA în 1860 în speranța consolidării relațiilor diplomatice și comerciale între ambele țări.
Al doilea război mondial au văzut țările împușcate între ele după ce japonezii au bombardat baza navală americană din Pearl Harbor, Hawaii, în 1941. Războiul s-a încheiat în 1945, după ce Japonia a suferit provocări extraordinare din cauza bombardament atomic din Hiroshima și Nagasaki și din bombardarea Tokyo.
La 14 august 1945, Japonia s-a predat ducând la o ocupație de către forțele aliate victorioase. După preluarea controlului asupra Japoniei, președintele SUA Harry Truman numit general Douglas MacArthur ca comandant suprem al puterilor aliate din Japonia. Forțele aliate au lucrat la reconstrucția Japoniei, precum și la consolidarea legitimității politice, stând public de partea împăratului Hirohito. Acest lucru a permis
MacArthur să lucreze în cadrul sistemului politic. Până la sfârșitul anului 1945, aproximativ 350.000 de militari americani erau în Japonia care lucrau la o mare varietate de proiecte.Sub control aliat, Japonia a întreprins o transformare remarcabilă caracterizată prin noua constituție a Japoniei care a subliniat principiile democratice, reforma educațională și economică și demilitarizarea care a fost încorporată în noua constituție japoneză. Pe măsură ce reformele au avut loc, MacArthur a trecut treptat controlul politic asupra japonezilor, culminând cu Tratatul de la San Francisco din 1952, care a pus capăt oficial ocupației. Acest cadru a fost începutul unei relații strânse între ambele țări, care durează până în zilele noastre.
Perioada de după tratatul de la San Francisco s-a caracterizat printr-o cooperare strânsă între ambele țări, cu 47.000 de militari americani rămași în Japonia prin invitația japonezilor guvern. Cooperarea economică a jucat de asemenea un rol important în relația cu SUA, oferind Japoniei sume importante de ajutor în perioadele postbelice, deoarece Japonia a devenit un aliat în Război rece. Parteneriatul a avut ca rezultat reemergența economiei japoneze, care rămâne una dintre cele mai puternice economii din regiune.