Nisipurile din deșertul Sahara ar fi putut fi un obstacol major în comerțul dintre Africa, Europa și Est, dar era mai degrabă ca o mare nisipoasă, cu porturi comerciale de o parte și de alta. În sud erau orașe precum Timbuktu și Gao; în nord, orașe precum Ghadames (în actuala Libie). De acolo mărfurile au călătorit în Europa, Arabia, India și China.
Comercianții musulmani din Africa de Nord au expediat mărfuri peste Sahara folosind rulote mari cu cămile - în medie, aproximativ 1.000 de cămile, deși există o înregistrare care menționează rulote care călătoresc între Egipt și Sudan care au avut 12.000 cămile. Berberii din Africa de Nord au căpătat prima dată cămilele în jurul anului 300 î.
Cămila a fost cel mai important element al rulotei, deoarece acestea pot supraviețui perioade îndelungate fără apă. De asemenea, pot tolera căldura intensă a deșertului în timpul zilei și frigul noaptea. Cămile au un dublu rând de gene, care protejează ochii de nisip și soare. De asemenea, sunt capabili să își închidă nările pentru a nu lăsa nisipul. Fără un animal extrem de adaptat pentru a face călătoria, comerțul peste Sahara ar fi fost aproape imposibil.
Au adus în principal bunuri de lux, cum ar fi textile, mătase, mărgele, ceramică, arme ornamentale și ustensile. Acestea au fost comercializate pentru aur, fildeș, lemn, precum abanosul și produse agricole, cum ar fi nucile kola (un stimulent, deoarece conțin cofeină). De asemenea, și-au adus religia, islamul, care s-a răspândit de-a lungul rutelor comerciale.
Nomazii care trăiau în Sahara făceau comerț cu sare, carne și cunoștințele lor ca ghizi pentru pânză, aur, cereale și sclavi.
Până la descoperirea Americii, Mali a fost principalul producător de aur. Fildeșul african a fost căutat și pentru că este mai moale decât cel de la elefanții indieni și, prin urmare, este mai ușor de sculptat. Sclavii erau căutați de curțile prinților arabi și berberi ca slujitori, concubini, soldați și muncitori agricoli.
Sonni Ali, conducătorul Imperiului Songhai, care era situat la est de-a lungul curbei râului Niger, a cucerit Mali în 1462. A început să dezvolte atât propria capitală: Gao, cât și principalele centre din Mali, Timbuktu și Jenne au devenit orașe majore care au controlat o mare parte din comerțul din regiune. Orașele portuare s-au dezvoltat de-a lungul coastei Africii de Nord, inclusiv Marrakech, Tunis și Cairo. Un alt centru comercial semnificativ a fost orașul Adulis din Marea Roșie.