Printre numeroasele opțiuni, aceste cinci pete sunt cele mai frecvente, începând cu bromura de etidiu, care este cea mai folosită. Când lucrați cu acest proces, este important să nu cunoașteți doar diferențele dintre pete, dar și riscurile inerente pentru sănătate.
Bromura de etidiu este probabil cel mai cunoscut colorant utilizat pentru vizualizarea ADN-ului. Poate fi utilizat în amestecul de gel, în tamponul de electroforeză sau pentru a colora gelul după ce a fost rulat.
Moleculele colorantului aderă la catene de ADN și fluorescente sub lumina UV, arătându-vă exact unde se află benzile din gel. În ciuda avantajului său, dezavantajul este că bromura de etidiu este un potențial cancerigen, deci trebuie manipulată cu mare atenție.
Colorantul de aur SYBR poate fi utilizat pentru a colora ADN dublu sau monocatenar sau pentru a colora ARN. SYBR Gold a intrat pe piață ca fiind una dintre primele alternative la bromura de etidiu și este considerată a fi mai sensibilă.
Deoarece fluorescența moleculei nelegate este atât de scăzută, destinația nu este necesară. De asemenea, de la lansarea SYBR Gold, s-au dezvoltat și comercializat SYBR Safe și SYBR Green, care dețin licențe, alternative alternative mai sigure la bromura de etidiu.
Petele SYBR Green I și II (din nou, comercializate de Sonde Moleculare) sunt optimizate în diferite scopuri. Deoarece se leagă de ADN, ele sunt considerate încă potențiale mutagene și, din această cauză, trebuie tratate cu grijă.
SYBR Green I este mai mult sensibil pentru utilizare cu ADN dublu catenar, în timp ce SYBR Green II, pe de altă parte, este Cel mai bun pentru utilizare cu ADN sau ARN monocatenar. Ca și pata populară de bromură de etidiu, aceste pete extrem de sensibile fluoresc în lumina UV.
Atât SYBR Green I cât și II sunt recomandate de producător pentru a fi utilizate cu "iluminare epiotidă de 254 nm Polaroid 667 negru și pelicula albă și un filtru fotografic SYBR cu pete de gel verde "pentru a realiza detectarea a 100 pg de ARN sau ADN monocatenar per grup.
SYBR Safe a fost conceput pentru a fi o alternativă mai sigură la Bromură de Etidiu și alte pete SYBR. Nu sunt considerate deșeuri periculoase și, în general, pot fi aruncate prin sistemele de canalizare obișnuite (adică în scurgere), deoarece testarea toxicității indică faptul că nu există toxicitate acută.
De asemenea, testarea indică există puține sau deloc genotoxicitate asupra celulelor embrionare de tip hamster sirian (SHE), limfocitelor umane, celulelor limfomului de șoarece sau sunt notate în testul AMES. Pata poate fi folosită cu un transiluminator cu lumină albastră care provoacă o vizualizare mai mică a ADN-ului care este vizualizat și oferă o eficiență mai bună pentru clonarea ulterioară.
De asemenea, este o alegere bună dacă utilizați geluri cu punct de topire scăzut pentru recuperarea ADN-ului. Este foarte stabil la temperaturi ridicate și are o fluorescență foarte mică, dar este foarte fluorescent atunci când este legat de ADN. Eva Green s-a demonstrat, de asemenea, că are o concentrație foarte mică sau fără citotoxicitate sau mutagenicitatea.