Inundații dezastruoase pe Râu galben a spălat recoltele, a înecat sătenii și a schimbat cursul râului, astfel încât să nu mai întâlnească Marele Canal. Supraviețuitorii înfometați ai acestor catastrofe au început să creadă că conducătorii lor etnici-mongoli, Dinastia Yuan, pierduse Mandatul cerului. Când aceiași conducători au forțat între 150.000 și 200.000 dintre supușii lor chinezi Han să apeleze la o corvă de muncă masivă să scape din nou canalul și să se alăture la râu, muncitorii s-au revoltat. Această răscoală, numită Rebeliunea Turbanului Roșu, a semnat începutul sfârșitului pentru stăpânirea mongolă asupra Chinei.
Primul lider al turbanilor roșii, Han Shantong, și-a recrutat adepții săi din muncitorii forțați care săpau albia din canal în 1351. Bunicul lui Han fusese un lider de sectă al sectei Lotusului Alb, care asigura fundamentul religios al Rebeliunii Turbanului Roșu. Autoritățile dinastiei Yuan au capturat și executat curând Han Shantong, dar fiul său a ocupat locul său în fruntea rebeliunii. Ambii Hans au putut juca foamea adepților lor, nemulțumirea lor de a fi forțat să muncească fără a plăti guvernul și neplăcutul lor profund de a fi condus de „barbari” din Mongolia. În nordul Chinei, acest lucru a dus la o explozie a activității antiguvernamentale a Turbanului Roșu.
Între timp, în sudul Chinei, a început o a doua revoltă a Turbanului Roșu sub conducerea lui Xu Shouhui. Avea plângeri și obiective similare cu cele ale turbanelor roșii de nord, dar cele două nu au fost coordonate în niciun fel.
Deși soldații țărani s-au identificat inițial cu culoarea albă (de la Societatea de Lotus Alb), au trecut curând la culoarea roșie mult mai norocoasă. Pentru a se identifica, au purtat benzi roșii sau hong jin, care a dat răscoalei numele său comun ca "Rebeliunea Turbanului Roșu". Înarmat cu arme improvizate și instrumente pentru fermă, nu ar fi trebuit să reprezinte o amenințare reală pentru armatele guvernului mongol, dar dinastia Yuan se afla în turbulențelor.
Inițial, un comandant capabil numit consilier șef Toghto a fost capabil să pună la cale o forță efectivă de 100.000 de soldați imperiali pentru a da jos turbanii roșii de nord. El a reușit în 1352, dirijând armata lui Han. În 1354, Turbanii Roșii au trecut din nou în ofensivă, tăind Marele Canal. Toghto a adunat o forță în mod tradițional la 1 milion, deși aceasta este fără îndoială o exagerare brută. La fel cum a început să se deplaseze împotriva turbanelor roșii, intriga de la curte a dus la împăratul Toghto. Ofițerii săi indignati și mulți dintre soldații au părăsit în semn de protest pentru înlăturarea sa, iar curtea din Yuan nu a fost niciodată în stare să găsească un alt general eficient care să conducă eforturile anti-roșii turbani.
La sfârșitul anilor 1350 și începutul anilor 1360, liderii locali ai Turbanilor Roșii s-au luptat între ei pentru controlul soldaților și al teritoriului. Și-au cheltuit atât de multă energie unul pe celălalt, încât guvernul yuan a fost lăsat în pace relativă pentru o perioadă. Părea ca și cum rebeliunea s-ar putea prăbuși sub greutatea ambiției diferitelor conducători de război.
Cu toate acestea, fiul lui Han Shantong a murit în 1366; unii istorici cred că generalul său, Zhu Yuanzhang, l-a înecat. Deși a durat încă doi ani, Zhu și-a dus armata țărănească să captureze capitala mongolă la Dadu (Beijing) în 1368. Dinastia Yuan a căzut, iar Zhu a înființat un nou Han, etnic chinez dinastia numită Ming.