În anumite regiuni, cum ar fi sudul Indiei, regatele hinduse au ținut și chiar au împins înapoi împotriva valului musulman. Subcontinentul s-a confruntat, de asemenea, cu invazii de celebri cuceritori din Asia Centrală Genghis Khan, care nu era musulman și Timur sau Tamerlane, care era.
Această perioadă a fost un precursor al erei Mughal (1526-1857). Imperiul Mughal a fost înființat de Babur, un prinț musulman originar din Uzbekistan. Sub Mughals mai târziu, în special Akbar cel Mare, împărații musulmani și supușii lor hinduși au ajuns la o înțelegere fără precedent și au creat o stare frumoasă și înfloritoare multiculturală, multietnică și religioasă diversă.
În 1206, un fost mamelucilor sclav numit Qutbubuddin Aibak a cucerit nordul Indiei și a întemeiat un regat. S-a numit sultan din Delhi. Aibak a fost un vorbitor turc din Asia Centrală, la fel și fondatorii a trei dintre următorii patru sultani din Delhi. Un total de cinci dinastii ale sultanilor musulmani au condus o mare parte din nordul Indiei până în 1526, când Babur măturat din Afganistan pentru a întemeia dinastia Mughal.
În 1221, sultanul Jalal ad-Din Mingburnu a fugit din capitala sa la Samarkand, Uzbekistan. Imperiul său Khwarezmid căzuse în armatele înaintate ale lui Genghiș Khan și tatăl său fusese ucis, așa că noul sultan a fugit spre sud și est în India. La râul Indus în ceea ce este acum Pakistan, mongolii au prins Mingburnu și 50.000 de soldați rămași ai săi. Armata mongolă avea doar 30.000 de oameni puternici, dar i-a prins pe perși pe malul râului și i-a decimat. Poate fi ușor să-i pară rău pentru sultan, dar decizia tatălui său de a ucide trimisii mongoli a fost scânteia imediată care a pornit cuceririle mongole din Asia Centrală și nu numai în primul rând.
Dinastia Chola din sudul Indiei a avut una dintre cele mai lungi fugi ale oricărei dinastii din istoria umană. Fondată ceva timp în anii 300 î.e.n., a durat până în anul 1250 e.n. Nu există nicio înregistrare a unei singure bătălii decisive; mai degrabă, imperiul vecin Pandyan a crescut pur și simplu în forță și influență într-o asemenea măsură încât a umbrit și a stins treptat politatea antică Chola. Aceste regate hinduse erau destul de departe spre sud pentru a scăpa de influența cuceritorilor musulmani care coborau din Asia Centrală.
În 1290, dinastia Mamluk din Delhi a căzut, iar dinastia Khilji s-a ridicat la locul ei pentru a deveni a doua dintre cele cinci familii care a condus Sultanatul Delhi. Dinastia Khilji nu va mai rămâne la putere decât până în 1320.
În timpul domniei lor scurte, de 30 de ani, dinastia Khilji s-a oprit cu succes de o serie de incursiuni din Imperiul Mongol. Bătălia finală și decisivă care a pus capăt încercărilor mongole de a lua India a fost bătălia de la Jalandhar 1298, în care armata Khilji a ucis vreo 20.000 de mongoli și i-a alungat pe supraviețuitori în India pentru bun.
În 1320, o nouă familie de sânge mixt turcesc și indian a preluat controlul sultanatului Delhi, începând perioada dinastiei Tughlaq. Fondată de Ghazi Malik, dinastia Tughlaq s-a extins spre sud pe Platoul Deccan și a cucerit cea mai mare parte a sudului Indiei pentru prima dată. Totuși, aceste câștiguri teritoriale nu au durat mult. Până în 1335, Sultanatul din Delhi se retrase în zona obișnuită din nordul Indiei.
Interesant este faptul că faimosul călător marocan Ibn Bățăță a servit ca Qadi sau judecător islamic în curtea lui Ghazi Malik, care luase numele de tron al lui Ghyasuddin Tughlaq. Nu a fost impresionat favorabil de noul conducător al Indiei, deplângând diferitele torturi folosite persoanele care nu au reușit să plătească impozite, inclusiv având ochii deschiși sau au avut plumb topit gâtul. Ibn Battuta a fost deosebit de ingrozit ca aceste orori au fost perpetuate impotriva musulmanilor, precum si a infidelilor.
Pe măsură ce puterea Tughlaq a scăzut rapid în sudul Indiei, un nou imperiu hindus s-a grăbit să umple vidul de putere. Imperiul Vijayanagara va stăpâni mai mult de trei sute de ani de la Karnataka. Aceasta a adus o unitate fără precedent în sudul Indiei, bazată în principal pe solidaritatea hindusă în fața amenințării musulmane percepute către nord.
Deși Vijayanagara au reușit să unească o mare parte din sudul Indiei, au pierdut curând fertilul Podișul Deccan care se întinde pe talia subcontinentului către un nou sultan musulman. Sultanatul Bahmani a fost fondat de un rebel turc împotriva Tughlaqs numit Ala-ud-Din Hassan Bahman Shah. El l-a îndepărtat pe Deccan departe de Vijayanagara, iar sultanatul său a rămas puternic mai mult de un secol. În anii 1480, însă, sultanatul Bahmani a intrat într-un declin abrupt. Până în 1512, cinci sultanate mai mici s-au despărțit. Cincisprezece ani mai târziu, statul central Bahmani a dispărut. În nenumărate bătălii și derapaje, micile state succesoare au reușit să oprească înfrângerea totală de către Imperiul Vijayanagar. Cu toate acestea, în 1686, împăratul nemilos Aurengzeb din Mughals a cucerit ultimele rămășițe ale sultanatului Bahmani.
Sultanatul Madurai, cunoscut și sub numele de Sultanatul Ma'bar, a fost o altă regiune condusă de Turcia, care s-a despărțit de Sultanatul din Delhi. Cu sediul la sud în Tamil Nadu, Sultanatul Madurai a durat doar 48 de ani înainte de a fi cucerit de Regatul Vijayanagara.
Secolul al XIV-lea al calendarului vestic s-a încheiat în sânge și haos pentru dinastia Tughlaq din Sultanatul Delhi. Cuceritorul însetat de sânge Timur, cunoscut și sub numele de Tamerlane, a invadat nordul Indiei și a început să cucerească orașele Tughlaqs unul câte unul. Cetățenii din orașele afectate au fost masacrați, capetele despărțite fiind îngrămădite în piramide. În decembrie 1398, Timur a luat Delhi, jefuind orașul și sacrificându-și locuitorii. Tughlaqs-ul a continuat puterea până în 1414, dar capitala lor nu s-a redresat de la terorismul Timurului mai mult de un secol.